Из манифеста можно почерпнуть инфу о том какие права в системе (назовем это так) нужны приложению. Из этой хмл-ины мы видим (из критичного), отпрвку смс, например...
а декомпиляция (до любого из уровней, хоть далвика, хоть явы) андроидовских файлов мне иногда была нужна для:
1. для создания кряков/кейгенов - чуть-чуть в этом упражнялся, т.к стремно как-то уметь это под винду, а в андроиде не шарить совсем :)
2. для анализа малвари на примитивном уровне (на уровне понять вообще что будет в системе хотя бы приблизительно после запуска, на какие номера шлет смс и т.д).
Но меня малварь под андроид не интересует, поэтому этим не занимаюсь.