Для того-чтобы проверить сайт на вирусы, можно сделать следующее:
1)Скопировать файлы своего сайта на диск и проверить штатным антивирусом;
2)Установить на сервер ClamAV и проверить им;
3)Есть специализированные программы, которые нужно скопировать и запустить на вашем сервере, а именно:
http://www.yandex.ru/promo/manul#howtouse
https://revisium.com/ai/
4)Так-же есть онлайн сервисы (Слабенькие, но можно тоже проверять):
http://antivirus-alarm.ru/
Что делать если был найден вирус на сайте:
1.Удалить его путём удаления файла вируса на сервере (Обычно это php или JS, часто это указывается сканером АВ), или правки как правило индексного файла (Index.php, Index.html, обычно кусок кода потенциального вируса указывает сканер АВ после проверки), также нужно проверить файл .htaccess на подозрительные записи;
2.Обязательно проанализировать и устранить причины появления вируса на сайте, причины могут-быть следующие:
- Брут пароля к ftp, ssh, админки... В этом случае все пароли нужно сменить.
- Уязвимость на сервере, плагинах CMS, в самом CMS... В этом случае нужно обновлять плагины, движки и т.д.
- Уязвимость на сервере. В этом случае нужно обновить ПО на сервере.
- Также нужно проверить из каких источников вы брали скрипты, плагины и прочий софт, устанавливайте скрипты и софт только с офф. сайтов или лично проверенных сайтов...
Вроде всё, не попадайтесь !